В третьем сезоне речь идет о юной девочки Зои, в которой все меняется в ее жизни после того, как она обнаружила, что имеет генетические аномальные отклонения. После того, как она об этом узнала, Зои начала замечать, что эти отклонения были и в прошлом. А в ходе своего расследования она узнала, что она не единственная такая в современном мире.

В какой-то академии Нового Орлеана люди, с таким же генетическим кодом, как у Зои, учатся. Все эти люди исходят с одной единственной родословной, родоначальником которой является – Салем. Зои решила отправиться к таким же людям, как она. А в это же время всемогущая ведьма, по имени – Фиона Гуд, решает навестить ту самую академию, в которую поехала Зои.